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Wednesday 3 September 2014

Ebola, c'est quoi ?

Parce que j'en ai un peu marre de lire/entendre soit tout et n'importe quoi, soit rien du tout, sur Ebola, je vous ai fait un petit résumé. Je ne suis pas expert et encore moins virologue. Mais ça doit faire vingt-cinq ans que je suis avec avidité tout ce qui s'écrit sur les filoviridae, dans les revues grand public ou scientifiques. Donc voilà.

Ebola, c'est quoi ?

Ebola est un virus et pour être plus précis un filovirus. Les filiviridae sont de découverte relativement récente puisque le premier filovirus décrit et nommé l'a été en 1967, lorsque des singes verts de laboratoire infectèrent des laborantins en Allemagne, à Marburg et Francfort, et en Yougoslavie, à Belgrade. Les filoviridae sont ainsi nommés parce qu'au microscope électronique, ils ressemblent à des filaments et forment souvent des boucles ou des crosses.

Ebola filovirus

Contrairement aux informations fournies par les journalistes en ce moment, il n'y a pas deux virus dans la famille des filoviridae mais bien trois, chacun avec plusieurs souches :

  1. le virus de Marburg. Le premier découvert. Excepté la flambée de 1967 dans les laboratoires européens, n'a déclenché que deux épidémies en RDC de 1998 à 2000 et en 2004/2005 en Angola. Dans les pays industrialisés, la létalité est restée contenue bien en-deçà des 50%. En Afrique en revanche, Marburg a atteint des taux de létalités effrayants, tuant neuf personnes sur dix...
  2. le virus Ebola, nommé d'après le nom d'une rivière dans le nord de la RDC. Il est le plus connu des filoviridae à cause surtout du nombre de flambées épidémiques depuis sa découverte en 1976 et parce que l'industrie du cinéma s'en est inspiré dans plusieurs films. Une caractéristique importante d'Ebola est son assez grande mutabilité. Une variante d'Ebola a infecté et tué des singes de laboratoire à Reston dans la banlieue de Washington aux USA... Un employé du laboratoire fut même infecté à la suite d'une coupure mais ne développa aucun symptôme, une conclusion assez éloignée des flambées Ebola en Afrique.
  3. quasi-inconnu, le virus Lloviu est présent en Espagne, Portugal et au sud de la France... La presse n'en parle jamais, je suppose qu'il ne faut pas paniquer la population. Même s'il en est assez éloigné, Lloviu ressemble plus à Ebola qu'à Marburg. Il ne semble pas être pathogène pour l'homme car la grotte dans laquelle il a été détecté est une grotte assez touristique... On envisage que certaines chauve-souris ne soient pas que des porteuses saines mais soient la cible de ce virus.

Et ça fait quoi exactement?

En gros, ça tue, vite beaucoup et très salement. Marburg et Ebola donnent exactement les mêmes symptômes mais avec des taux de létalité un tout de petit peu différents, encore que cela ne soit pas si évident. On appelle les maladies induites par Marburg et Ebola des fièvres hémorragiques mais elles sont bien plus que cela. Si fièvre et hémorragies sont présentes, il y a aussi des dysfonctionnements catastrophiques en série de la plupart des organes internes de la personne touchée.

L'incubation est asymptomatique, on ne ressent rien de spécial, et peut durer de quelques jours à trois semaines. Il suffit de quelques particules virales pour infecter un individu. En laboratoire, des singes ont été infectés avec seulement quatre particules virales... Mise à jour : à noter que l'on n'est pas contagieux pendant la période d'incubation.

Après l'incubation vient la phase, assez courte (quelques jours) de l'amplification massive du virus. Le corps se retrouve saturé de virus. Les virus peuvent même s’agglutiner en particules ressemblant à des cristaux. Les symptômes commencent par une forte fièvre, des douleurs oculaires et maux de tête persistants que les antalgiques ne soulagent pas, des douleurs dorsales insupportables. Suivent les nausées, les diarrhées, l'épuisement et les pétéchies. Les pétéchies sont des hémorragies sous-cutanées, pouvant apparaître sur tout le corps initialement sous forme de petit points rouges puis, au fur et à mesure de leur extension, sous forme de larges taches sombres entraînant la nécrose rapide des tissus cutanés ; les pétéchies sont malheureusement moins visibles sur les peaux noires, au début du moins... Les nausées évoluent rapidement avec la désagrégation des tissus du tube digestif et les hémorragies massives qui y ont lieu ; les patients vomissent un liquide rouge et noir, appelé le vomito negro, extraordinairement chargé en virus, composé de sang et de la liquéfaction des couches supérieures du tube digestif. Tous les liquides sont violemment infectieux, sang, larmes, urine, sperme. Les muqueuses se mettent à saigner spontanément : les gencives, le nez, les yeux, le vagin. Du sang peut suinter des seins tant chez la femme que chez l'homme. Tant que les hémorragies ne sont pas là, le tableau clinique peut faire penser à une autre maladie comme la malaria ou la fièvre jaune, ou encore une des nombreuses autres fièvres endémiques à l'Afrique.

Après la phase d'amplification, les hémorragies internes commencent à atteindre des seuils critiques. Le sujet infecté change de comportement, un effet de bord des hémorragies cérébrales. On note souvent une désorientation profonde, un manque de tonus musculaire particulièrement visible sur le visage. Le sujet peut basculer dans le délire ou même dans la violence. Les yeux sont rougis par les hémorragies se produisant à l'intérieur même du globe oculaire. Les pétéchies nécrosent souvent donnant lieu à des ulcérations énormes et très graves de la peau. Les organes internes commencent à lâcher un par un. Le foie et la rate sont explosés par la charge virale et sont durs au toucher, saturés de cristaux viraux. La moindre piqûre sur la peau (par exemple pour une injection) est extraordinairement douloureuse et peut occasionner des saignements inextinguibles. Certaines muqueuses commencent à se liquéfier, par exemple dans la bouche ou encore dans l'intestin qui peut être alors détaché et expulsé en morceaux lors de diarrhées. La tableau clinique est celui de multiples hémorragies massives, toutes potentiellement fatales, associées ou causant de multiples nécroses internes et externes.

En phase finale, les organes cèdent les uns après les autres sans que la fièvre ne diminue. La mort survient généralement par choc septique, tension en chute libre, coma, dysfonctionnements organiques massifs, au bout d'une quinzaine de jours en tout depuis la fin de l'incubation.

Les autopsies, rares car réalisées dans des conditions de sécurité bactériologique impératives, montrent souvent des organes internes méconnaissables, transformés en de véritables "sac à virus" ou encore totalement détruits.

Tous les primates peuvent être infectés, et des cas de porcs infectés par le virus Ebola Reston ont aussi été répertories même s'ils présentent un tableau clinique différent.

On peut y survivre ?

Oui. Avec beaucoup de chance. Lors d'un des premiers cas documentés en Afrique, un médecin fut infecté par le cas index en prenant du vomito negro directement dans les yeux. Il a survécu. La charge virale peut persister longtemps - plusieurs semaines - dans les globes oculaires et chez les hommes dans les testicules. On ignore pourquoi les filoviridae y stagnent ainsi. Dans au moins un cas lors de l'épidémie de Marburg en Allemagne, un malade a infecté son épouse lors de rapports sexuels.

Mais d'où viennent les filovirus ?

Plusieurs indices historiques pointaient déjà vers les chauve-souris. En particulier, deux cas de Marburg étaient clairement liés à une grotte du Mont Elgon constellée de fientes de chauve-souris. Cependant, la grotte hébergeait aussi de nombreux insectes et les premières recherches pourtant de grande ampleur du vecteur de Marburg dans cette zone n'avaient rient donné. En 2007 enfin, il a été prouvé que la roussette d'Afrique, une chauve-souris très commune, héberge le virus Marburg. Elle n'est pas la seule car de l'ARN viral a été retrouvé dans au moins neuf autres espèces de chauve-souris.

Les populations indigènes vivant autour du Mont Elgon ont rapporté plusieurs flambées anciennes d'une maladie dont le tableau ressemble à celui de Marburg. Sans autre indice, il est impossible de confirmer que c'est bien Marburg qui en est à l'origine même si cela semble extrêmement plausible.

Le virus Ebola et le virus Lloviu sont également portés par des chauve-souris très communes

Les études sur le génome de ces chauve-souris, porteuses saines, et celui de filoviridae montrent que les virus existent depuis très, très longtemps, probablement plusieurs dizaines de millions d'années. Des éléments du génome viral ont été retrouvés, appropriés par leur hôtes, dans le génome de chauve-souris.

Ebola et Marburg ont deux modes principaux pour contaminer un être humain :

  1. le virus contamine un primate et un être humain consomme la viande de ce primate, on appelle ça la viande de brousse.
  2. un fruit est contaminé par une chauve-souris frugivore et un être humain finit de consommer le fruit. Il semble qu'un des cas index de l'épidémie en cours puisse être un enfant de deux ans ayant fini un tel fruit en partie consommé par une chauve-souris. Dans le cas des contaminations par Marburg à la grotte du Mont Elgon, on envisage des coupures sur des roches recouvertes de guano de chauve-souris, ou la respiration d'un air saturé par du guano sec et naturellement aérosolisé.

Au moins un cas de transmission aérienne d'Ebola semble avéré, entre plusieurs singes lors de l'épizootie à Reston en Virginie aux US. Les autres formes d'Ebola et Marburg ne semblent pas se transmettre par voie aérienne, fort heureusement.

Au moins un cas de transmission d'Ebola Reston du porc à l'homme semble probable aux Philippines en 2008, indiquant un premier passage de la barrière des espèces inquiétant.

Il faut être inquiet ?

À moins de vivre en zone infectée ou à proximité immédiate, non il n'y a pas lieu de paniquer.

Pour les pays d'Afrique infectés et les pays limitrophes, là par contre il est grand temps de paniquer. Les structures de santé, déjà totalement déficientes, ont été évidemment les premières à payer le prix fort face à l'infection. Le nombre de soignants locaux décédés, médecins et infirmiers, doit être considérable. Au-delà d'un certain stade, et sans quarantaine stricte imposée à tout malade et ses contacts, il devient impossible de contenir la progression exponentielle de l'épidémie. Elle est amplifiée par les coutumes funéraires locales, qui font la famille s'occuper du corps du défunt avec de multiples contacts corporels. La progression de l'épidémie ne s'arrêtera alors que lorsqu'elle aura tellement tué que les gens resteront naturellement isolés, interrompant la chaîne de diffusion par contact.

Le grande crainte de l'OMS, comme lors de la fameuse flambée dite "Mayinga", est qu'une grande ville disposant d'un aéroport international soit touchée. Des personnes infectées par un filovirus mais encore asymptomatiques seraient alors à seulement quelques heures du monde entier. Il est à noter que les contrôles de température que l'on montre en boucle à la télévision ne peuvent servir à détecter que des sujets déjà en amplification virale. Les sujets en phase d'incubation ne présentant pas de fièvre, ils passent au travers des mailles du filet d'où les situations d'alerte dans tous les pays recevant potentiellement des voyageurs aériens en provenance des pays touchés.

Quels pays ont déjà été touchés ?

Pays Virus/Souche Date (létalité)
Ouganda Ebola/Bundibugyo
Ebola/Soudan
Marburg/Marburg
Marburg/Ravn
2007 (34% décès)
2000 (53%), 2011 (100%)
2007 (33%), 2012 (50%)
2007 (0%)
RDC Ebola/Bundibugyo
Ebola/Soudan
Ebola/Zaire
Marburg/Marburg+Ravn
2012 (47%)
2014 (0%)
1976 (88%), 1995 (80%), 2003 (90%), 2007 (71%), 2008
1980 (83%)
USA Ebola/Reston 1990 (0%)
Italie Ebola/Reston 1992 (0%)
Philippines Ebola/Reston 1990 (0%), 1996 (0%), 2008 (0%), 2009 (0%)
Sud Soudan Ebola/Soudan 1976 (53%), 1979 (65%), 2004 (41%)
Côte d'Ivoire Ebola/TaïForest
Ebola:Zaire
1994 (0%)
2014 (50%)
Suisse Ebola/TaïForest 1994 (0%)
Congo Ebola/Zaire 2001
Gabon Ebola/Zaire 1994, 1996, 2001, 2002, 2003
Afrique du Sud Ebola/Zaire
Marburg/Marburg
1996
1975 (33%)
Allemagne Marburg/Marburg 1967 (23%)
Yougoslavie Marburg/Marburg 1967 (23%)
Kenya Marburg/Marburg
Marburg/Ravn
1980 (50%), 1987 (100%)
1987 (100%)
Angola Marburg/Marburg 2004 (90%)
Liberia Ebola/Zaire 2014 (50%)
Guinée Ebola/Zaire 2014 (74%)
Sierra Leone Ebola/Zaire 2014 (43%)
Nigeria Ebola/Zaire 2014 (39%)

Wednesday 30 July 2014

Where is Daniel

I suffered last week a major lumbago, leaving me totally blocked, under morphine and hospitalized. I am recovering slowly, stuffed with strong medicines, my back being too weak now to stand a visit to my osteopath. Since I am unable to seat too long in front of a computer (I spend most of my days in bed), don't count on me these days for anything work-related, including unfortunately W3C stuff. Don't expect fast answer to emails either. I need at least one extra week of complete rest to recover a bit. Thanks.

Monday 14 May 2012

Where is Daniel

Major lumbago and lots of pain, my back is completely blocked. Don't expect me to be fully available today, a visit to my osteopath has the highest priority right now :-(

Monday 14 November 2011

The Eatery

A while ago, I noticed Aza Raskin left Mozilla to start Massive Health. I also noticed later a $2.25M funding for Massive Health. I also noticed their first app, The Eatery, and I even downloaded it. Not a lot to say about it before today but I had a strange feeling using it.

A few minutes ago, a line from TUAW appeared in my RSS reader: The Eatery is their app of the day. And reading it, I now understand better my original bad feeling.

  1. The app knows only a range of values between "Fat" and "Fit". Ah. Of course, fat-free sources of vitamins will always be tagged "Fit". Unless you take a too high dose of vitamins, and that can be really dangerous... Food is made of a lot of things, and cannot be reduced to a single range ("non-fat" to "fat").
  2. The app relies on the comments of people who are not dieticians, who don't know you well enough (in the medical sense) to judge what's good and bad for you. Since it's Facebook-based, some commenters may have never seen you at all...
  3. The app relies on the comments of people who judge only based on one picture, usually of low quality, and sometimes (but not always) a short legend. In short, it's impossible to tell. "Salad, tuna and tomatoes" would usually trigger a "fit" but what's in the dressing? The viewer will rarely (or never) know.
  4. As an example, Massive Health used the data to forge maps, as says the TUAW article. Uh?!? You mean an insurance company can check in a few seconds if one lives in a "Fat" district of San Francisco or in a "Fit" one? If you are a good customer for them or if you are statistically more prone to a cardiac/diabetes problem because you live in a place where people usually eat "Fat"? Wow. Wow. And some think Google is dangerous because they aggregate too much data about you?

I am super-skeptical. I am extremely reluctant to give any kind of information regarding my own health or daily food habits (with geolocation of course) to private companies, even if they show a large "Don't be evil" mantra like Massive Health. I'm just European I guess, but for me, that app is not too far away from what we call here "Exercice illégal de la médecine". Despite a superb UI/UX, I am not seeing any good in such a social-network-powered app, sorry.

"If you're not paying for it, you're the product being sold"

Wednesday 17 February 2010

Where is Daniel

Sick, high fever, sore throat, coughing, the usual suspects. Don't count on me today :-(

Tuesday 5 January 2010

Where is Daniel

I suffered a major lumbago episode two days ago that made me end up at the local hospital in emergency unit. I'm stuffed with medicines and can hardly remain seated in front of my computer more than 30 minutes because my back is blocked in a rather arched position. We'll see how my chiropractor deals with that. Please don't expect instantaneous answers to comments left on this blog or even private email messages. Thanks.

Thursday 21 August 2008

Tss tss

I'm sick. Massive headache, sore throat, caughing. Unfortunately, I'm in the UK for the CSS WG august meeting... D'oh.

Wednesday 2 July 2008

/bin/sleep

Je suis épuisé. Il est temps, grand temps que les congés estivaux arrivent...

Sunday 13 April 2008

Effet de bord

S'arrêter de fumer, ça fait vsiblement pêter... :-)

Wednesday 20 February 2008

Pfffff

Exhausted, fever, pain, antibiotics, paracetamol :-(

Monday 14 January 2008

Fourbu

J'ai des courbatures monstrueuses, passer de la position assise à la position debout m'arrache un "aaaaah" de douleur :-) Heureusement que ce mois de janvier 2008 est du point de vue nocturne plus paisible que janvier 2007.

Friday 30 November 2007

Ebola

New ebola outbreak in Uganda. This is apparently a new virus strain, never seen before. The symptoms are more measles-like - with a rash - than haemorragic like the other strains of filoviruses. Already killed 16 people...

Wednesday 12 September 2007

RDC #2

Confirmation de ce que j'évoquais le 1er septembre dernier : c'est bien Ebola, avec juste un tout petit moins de 45% de léthalité. Je reste très étonné par les rapports initiaux de pertes de volailles.

Saturday 1 September 2007

RDC

Cela pourrait bien être une nouvelle poussée d'Ebola mais il est étonnant de lire que des poulets et cochons en seraient morts. D'habitude les filovirus ne touchent que les primates non ? C'est peut-être en fait décorrélé. Ce qu'on ne vous dit probablement pas, c'est que le monde entier doit être en train de mettre en place des mesures de contrôle et/ou confinement sur tout avion en provenance de RDC. Il y a un peu plus de vingt ans de cela, dans un cas célèbre devenu LA référence dans les tests de détection d'Ebola, une infirmière avec un Ebola déclaré a réussi à atteindre la capitale, et être proche d'un aéroport international. L'OMS doit encore s'en souvenir avec des frissons dans le dos...

Thursday 26 July 2007

Aïe aïe aïe, eye eye eye

Conjunctivitis I presume... It's as if I had a grain of sand in my right eye.. Sigh. I'll head back to my flat for some collyrium.

Sunday 27 May 2007

Le retour de la revanche 2.0

La sinusite... Cela faisait longtemps, ça commençait à me manquer :-) Pfffrrrtttt...

Thursday 17 May 2007

Torticolis maousse costaud

Réveil en hurlant de douleur ce matin. Super coincé, méga douloureux... Je ne peux pas tourner la tête à gauche, à peine regarder vers le bas, et éternuer est un véritable enfer. Impossible de me lever seul du lit sans aide. Bilan, pas de conduite automobile aujourd'hui et de toute manière les médocs que je viens de prendre me l'interdisent. Il doit y avoir cette espèce de fatalité qui fait que ce genre d'épisode heureux arrive _toujours_ à la veille ou au début d'un long week-end. Quel pied... :-( Hier matin, Laurent et Olivier qui avaient passé tous deux une nuit difficille me demandaient si j'avais bien dormi, je répondais oui mais j'ai mal à la nuque, j'ai du dormir dans une mauvaise position. Bon, ben je confirme...

Myolastan, kétoprofène et paracétamol, tu parles d'un petit déjeuner !

Thursday 25 January 2007

03h40

Canapé, ô mon canapé, comme tu ne m'avais pas manqué :-(

Wednesday 24 January 2007

State of the Onion

fatigué, vanné, claqué, épuisé, laminé, explosé, cassé, exténué, anéanti, raplapla, haché, flapi, blet, rompu, flagada, effiloché, brisé, détruit, arraché, et j'en oublie certainement pas mal...

Tuesday 23 January 2007

Le bon bout

Pour la première fois depuis désormais plus d'un mois, je peux enfin dire que ma toux a un peu diminué. Les quintes, quand elles arrivent, sont toujours aussi profondes et pénibles, mais elles arrivent enfin un peu moins souvent et surtout durent un peu moins longtemps. Du coup, je commence enfin à avoir (un peu) moins mal aux côtes et à la hanche. J'ai presque réussi à dormir cette nuit, ce qui fait donc du bien. Par contre, je suis claqué comme claqué, jamais été claqué comme ça auparavant. J'ai perdu deux crans (!) à ma ceinture, je ne peux plus porter certains de mes pantalons devenus bien trop bouffants et larges (incroyable mais vrai), mes joues se sont un peu creusées, et un pack de six bouteilles de flotte est presque trop lourd pour moi. Un aller-retour à pied au centre-ville, oh ça fait bien 1.5kms, m'envoie presqu'à coup sûr faire une sieste pour récupérer de l'effort. Le pied quoi... Donc quelques jours de repos intégral du 5 au 9 février inclus, hop.

Notes aux inquiets qui m'envoient des messages privés : non ce n'est pas une pneumonie ; oui une bronchite est une pneumopathie ; non pas de coqueluche en plus ; non pas besoin de faire un scanner ; merci mais mon toubib est excellent ; non je n'ai plus de fièvre ; non je ne suis plus contagieux depuis longtemps ; l'antibiotique était la pristinamycine ; merci des infos météo, donc pas Annecy ; il y a cent ans j'en serais peut-être mort, hier l'abbé Pierre en est mort aussi, mais heureusement je n'ai pas 94 ans.

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